聖武天皇には行基菩薩の進言を聞召され、仏工稽文会、稽首勲父子に勅命あり、大和国長谷寺本尊の同木をもって、千手観音座像を刻ましめられた。成就した四尺一寸の尊容は、千四十二の臂を見え、その掌に悉く眼のある無変の霊像であったから、奉安の地を河内国恵我長野の藻伏山に択み、神亀二年（千二百五十余年前）この地に大伽藍を建立あらせられたのが当寺の濫觴である。

平城天皇の大同元年（千百七十余年前）、阿保親王が勅を奉じて再興し、次で在原業平は、奥の院諸堂を造営し、ここに偶居したことがある。堀河天皇の永長元年（八百八十余年前）、大和国加留の里の住人藤井安基が、寺塔の荒廃を再修し、伽藍の美を旧に復したので、その苗字をとり、藤井寺とも称えるに至った。

後醍醐天皇の御帰依篤く、元弘元年仁王会御修行あり、楠正成は、聖運を開かせ給う祈願をこめ、非理法権天の菊水旗号と守刀一振を寄進し、正平三年（六百三十余年前）には、楠正行七百余騎を率いて当寺に屯し、細川顕氏の七千騎を破った古戦場である。

「※参照：西國巡禮案内記」